Jednolite studia magisterskie dla kandydatów na oficerów na kierunku studiów Nawigacja trwają dziesięć semestrów i umożliwiają nabycie wiedzy teoretycznej oraz praktycznej związanej, przede wszystkim, z przyszłą służbą na stanowisku oficerskim w działach pokładowych na okrętach Marynarki Wojennej (specjalność Eksploatacja okrętowych systemów pokładowych), jak również w jednostkach brzegowych Marynarki Wojennej (specjalność Eksploatacja morskich systemów uzbrojenia).
Koncepcja kształcenia zakłada, że absolwent kierunku studiów Nawigacja nabędzie kompleksową, poszerzoną wiedzę i umiejętności z zakresu nawigacji, zwłaszcza nawigacji morskiej oraz uzyska w trakcie trwania studiów bardzo dobre przygotowanie teoretyczne, a także zdobędzie umiejętności praktyczne niezbędne w przyszłej pracy nawigatora. Uwzględniając fakt, że praca nawigatora odbywa się w środowisku morskim na okręcie, w trakcie studiów studenci (kandydaci na oficerów) zdobędą wiedzę, umiejętności i kompetencje społeczne uzyskiwane jako efekty uczenia się z zakresu przedmiotów wymaganych Konwencją STCW 1978/95 na poziomie operacyjnym i posiadać będą odpowiednie kwalifikacje zgodnie z wymogami sekcji A-II/1 Konwencji. Jest to możliwe, gdyż program studiów na kierunku Nawigacja oparty jest na tzw. ramowym programie szkolenia na poziomie operacyjnym w dziale pokładowym w żegludze międzynarodowej. Absolwent studiów, po zdaniu egzaminu dyplomowego uznanego za równoważny z egzaminem kwalifikacyjnym na poziomie operacyjnym oraz po odbyciu wymaganej praktyki pływania* zdobędzie uprawnienia do uzyskania dyplomu oficera wachtowego w dziale pokładowym w żegludze międzynarodowej (uprawnienia cywilne uznawane na całym świecie).
Umiejętności praktyczne rozwijane w trakcie studiów umożliwią absolwentowi prowadzenie nawigacji morskiej z wykorzystaniem nowoczesnych systemów i urządzeń pomiarowych; począwszy od ich przygotowania, w tym uwzględnienia ich ograniczeń, poprzez bieżącą kontrolę pomiarów, skończywszy na wstępnym opracowaniu wyników zgodnie z obowiązującymi standardami międzynarodowymi. Praktyczny wymiar dużej części zajęć przygotuje absolwentów do samodzielnej i zespołowej pracy zawodowej.
Absolwent jednolitych studiów magisterskich na kierunku Nawigacja posiadać będzie umiejętność posługiwania się wiedzą z zakresu nawigacji: obiektów, środków transportu i komunikacji. Posiadać będzie biegłość w zakresie określania pozycji oraz wyboru właściwej trajektorii w celu zapewnienia bezpieczeństwa ruchu zarówno w złożonych sytuacjach środowiskowych, jak i zagrożenia kolizją.
Absolwent jednolitych studiów magisterskich na kierunku Nawigacja przygotowany będzie do pracy na morzu z uwzględnieniem zasad bezpieczeństwa ludzi, obiektów i środowiska w kontekście uwarunkowań technicznych i prawnych oraz racjonalnej eksploatacji urządzeń i systemów
Po zdaniu egzaminu oficerskiego, obronie pracy magisterskiej i zdaniu egzaminu dyplomowego absolwenci otrzymują tytuł magistra inżyniera oraz stopień podporucznika i są wyznaczani na stanowiska służbowe w Siłach Zbrojnych RP.
*Zgodnie z §31 Rozporządzenia Ministra Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej z dnia 23 kwietnia 2018 r. w sprawie wyszkolenia i kwalifikacji członków załóg statków morskich (Dz. U. z 2018 r. poz. 802), do uzyskania dyplomu oficera wachtowego na statkach o pojemności brutto 500 i powyżej wymagane jest odbycie 12-miesięcznej nadzorowanej praktyki pływania na statkach morskich w dziale pokładowym w żegludze międzynarodowej, w tym co najmniej 6-miesięcznej praktyki pływania na morskich statkach handlowych o pojemności brutto 500 i powyżej. W trakcie trwania studiów można odbyć jedynie część tej praktyki; pozostała część powinna być odbyta przez absolwenta samodzielnie, lecz w okresie nie dłuższym niż 2 lata od daty zdania egzaminu dyplomowego równoważnego egzaminowi kwalifikacyjnemu i nie później niż 7 lat od daty rozpoczęcia studiów.